In 1863 kocht Vader Alexander, Jan Baptist van Peteghem, overste van het Gentse Guislaingesticht, een stuk grond aan te Zelzate, gelegen langs het zeekanaal. Het was de bedoeling er een modelboerderij uit te bouwen voor de patiënten van het Guislaingesticht. Van officiële zijde werd immers meer en meer aangedrongen op arbeidstherapie. Op 25 juli 1864, de dag die later als de officiële stichtingsdatum erkend werd, komen vanuit het Guislaingesticht drie broeders met een twintigtal patiënten aan te Zelzate. Ze kunnen er tijdens weekdagen beschikken over een woonhuis dat er al stond, en beginnen er een pionierswerk: lossen van bouwmaterialen, bouwen van stallingen, het effenen en vruchtbaar maken van de zandige terreinen, de ‘Heyde’ genoemd. Doch moeilijkheden met de eigenaar van het Guislaingesticht, het bestuur van de Gentse Burgerlijke Godshuizen (de latere C.O.O.), noopten Vader Alexander ertoe in 1866 de patiënten weg te halen uit Zelzate. Zo werd het plan van de modelhoeve afgevoerd, en rijpte een ander plan: men zou ter plaatse een nieuw gesticht bouwen.
De officiële opening dateert echter van 25 maart 1871. De twaalf aanwezige patiënten worden dan ook ingeschreven. Eind 1871 verblijven er al 42 patiënten. Dit aantal zou de komende jaren steeds toenemen, mede door een doorgedreven uitbreidingspolitiek. In 1893 was er al plaats voor zo’n 700 patiënten.
Gestaag werd verder gewerkt aan betere opvang en verpleging: hoge scheidingsmuren maakten plaats voor frisse hagen zodat de patiënten minder het gevoel zouden hebben opgesloten te zitten, en er kwamen minimumnormen voor bewaking. In de jaren 1930 steeg het patiëntental naar 800. Nieuwe bezigheden zoals ijzerdraadverwerking werden geïntroduceerd, net als een jaarlijkse busreis voor zo’n 120 patiënten.
Na de Tweede Wereldoorlog gingen nieuwe verbouwings- en uitbreidingswerken van start. Ook op vlak van behandeling en verzorging van psychiatrische patiënten waren grote veranderingen op til. Nieuwe geneesmiddelen als neuroleptica, antidepressiva en tranquilizers konden bepaalde shocktherapieën vervangen. Ook in de maatschappij groeiden nieuwe inzichten: men kon psychisch ziek zijn zonder gestoord te zijn, en patiënten werden ook meer bescherm en voorbereid op hun terugkeer in de maatschappij. Nieuwe wetten en besluiten maakten het vanaf de jaren 1960 mogelijk om afdelingen op te richten voor patiënten in kortverblijf. Patiënten konden ook steeds meer beroep doen op ziekteverzekering om hun kosten te laten betalen. Deze vernieuwingen worden weerspiegeld in de verdere uitbreiding van Sint-Jan-Baptist met nieuwe afdelingen en de aanwerving van verpleegkundig lekenpersoneel, psychologen, kinesitherapeuten, ergotherapeuten, sociaal assistenten, enz.
De laatste 30 jaar werden steeds meer klassieke arbeidstherapieën vervangen door meer creatieve therapieën en zinvollere activiteiten.
Vanaf de jaren 1990 deden zich verschillende hervormingen voor in de psychiatrie: nieuwe wet op bescherming van geesteszieken (1990), koninklijke en ministeriële besluiten die impuls gaven aan PVT en beschut wonen. Ook in Sint-Jan-Baptist deed dit de intrede (De Vlier).
